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剑麻斑马纹病菌EST-SSR标记开发与评价
Development and Evaluation of EST-SSR Marker for Phytophora nicotianae var. parasitica Causing Zebra Spot Disease
  
中文关键词:剑麻斑马纹病菌  表达序列标签(EST)  SSR  分子标记
英文关键词:Phytophora nicotianae var. parasitica / Phytophora parasitica var. nicotianae  expressed sequence tag (EST)  simple sequence repeat(SSR)  molecular marker
基金项目:国家麻类产业技术体系建设专项资金资助(No. CARS-19);国家自然科学基金(No. 31371679);农业部热作病虫害疫情监测与防治项目(No. 16RZBC-14)。
作者单位
吴伟怀 中国热带农业科学院环境与植物保护研究所 
汪 涵 1.中国热带农业科学院环境与植物保护研究所2.海南大学热带农林学院 
汪全伟 中国热带农业科学院科技信息研究所 
习金根 中国热带农业科学院环境与植物保护研究所 
郑金龙 中国热带农业科学院环境与植物保护研究所 
梁艳琼 中国热带农业科学院环境与植物保护研究所 
李 锐 中国热带农业科学院环境与植物保护研究所 
黄 兴 中国热带农业科学院环境与植物保护研究所 
杨蕊馨 中国热带农业科学院环境与植物保护研究所 
贺春萍 中国热带农业科学院环境与植物保护研究所 
易克贤 中国热带农业科学院环境与植物保护研究所 
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中文摘要:
      剑麻斑马纹病是剑麻生产中具有破坏性的一种真菌病害。本研究从GenBank(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucest)中随机下载10 525条寄生疫霉EST序列,经过去冗余处理后得到5 519条无冗余EST。利用MISA(MIcroSAtellite identification tool)软件进行SSR发掘,从中共搜索到199个1~6碱基SSR,其中三核苷酸重复基元类型最多,共鉴定到55个,占SSR总数的27.6%;其次是二核苷酸重复基元类型和单核苷酸重复基元类型,分别鉴定到51和47个,各占所鉴定SSR总数的25.6%和23.6%。进一步分析表明,AG/CT二核苷酸重复基元类型为优势重复类型,占二核苷酸SSR总数的76.5%。而AAG/CTT和AGC/CTG 2个基元类型在三核苷酸中出现频率最多,分别为15和11次,分别占三核苷酸SSR总数的27.3%及20.0%。从鉴定的199个SSR中,选取含有SSR的合适区段设计了22对引物,并通过18个剑麻斑马纹病菌菌株的基因组DNA进行了评价,结果只有其中9对引物能从剑麻斑马纹病菌基因组DNA中有效扩增,其扩增移效率为40.9%。由此表明,利用此方法来开发剑麻斑马纹病菌的分子标记具有可行性,只是存在一个转移效率问题。
英文摘要:
      Zebra spot disease caused by Phytophora nicotianae var. parasitica(or Phytophora parasitica var. nicotianae)is the most serious and devastating fungi disease in sisal. In the present study, a total of 5 519 non-redundant P. nicotianae were generated from the 10 525 publicly available EST sequences by CAP3 software, which used to mine potential microsatellites by microsatellite identification tool(MISA). A total of 199 SRR was found in P. nicotianae expressed-squence tags data. Of the 199 SSR, the most abundant SSR was the tri-nucleotide type, with the SSR numbers being 55, accounting for 27.6%, followed by the di-nucleotide and mono-nucleotide type, with the SSR numbers being 51 and 47, accounting for 25.6% and 23.6%. Among the di -nucleotide repeats, AG/CT was the most motifs and accounted for 76.5%. The AAG/CTT and AGC/CTG was the most motifs in tri-nucleotide, being 15 and 11, accounting for 27.3% and 20.0%, respectively. Further screening to the number of repetitions and motifs relatively large number of SSR among the 199 SRR, which the right position to develop molecular markers, and a total of 22 primers were developed.Among the 22 primer pairs designed and synthesized, there were only 9 primer pairs that amplified characteristic SSR bands in genomic DNA of 18 tested isolates of P. nicotiana from sisal, thus the transferability was 40.9%. The results showed that it is feasible for molecular markers using this method to develop the sisal zebra germs, only a transfer rate of problems.
吴伟怀,汪 涵,汪全伟,习金根,郑金龙,梁艳琼,李 锐,黄 兴,杨蕊馨,贺春萍,易克贤.剑麻斑马纹病菌EST-SSR标记开发与评价[J].热带作物学报,2017,38(6):1094~1100
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